임대차 재계약했을 뿐인데 세금이 달라졌다 — 직접 겪은 세무 실수 3가지

임대차 재계약 시 보증금 변동에 따른 간주임대료, 부가세, 전월세 신고, 주택임대소득세까지 세무상 주의점을 실제 경험 기반으로 정리했습니다.

임대차 재계약은 그냥 도장 한 번 더 찍는 거라고 생각했는데, 세무서에서 연락이 왔습니다. 보증금을 올렸을 뿐인데 간주임대료가 바뀌고, 부가세 신고 금액이 달라지고, 전월세 신고까지 누락됐다는 거였거든요.

재계약이라는 게 법적으로는 새로운 계약에 가깝다는 사실을 그때 처음 체감했어요. 보증금이 1원이라도 바뀌면 세무상 처리가 완전히 달라지는데, 이걸 모르는 임대인이 정말 많더라고요. 저도 그중 하나였고요. 2년 전에 상가 하나, 주택 하나를 임대하면서 재계약을 진행했는데 그 과정에서 겪은 세무 실수들을 정리해봤습니다.

특히 2026년부터 적용되는 세법 개정 사항이 꽤 많아서, 지금 재계약을 앞두고 있다면 한 번은 꼼꼼히 읽어보시는 게 좋을 거예요. 단순히 “얼마 올릴까”만 고민하다가 세금으로 더 큰 돈이 나갈 수 있거든요.

재계약이 세금에 영향을 준다고?

솔직히 처음엔 이해가 안 됐어요. 세입자가 그대로 살고 있고, 보증금만 약간 올린 건데 왜 세금 처리가 달라지는 건지. 찾아보니 핵심은 이거였습니다. 묵시적 갱신과 명시적 재계약은 세무상 전혀 다른 취급을 받는다는 것.

묵시적 갱신은 기존 조건이 그대로 유지되니까 별다른 세무 이슈가 없어요. 근데 보증금을 올리거나 월세를 변경하면서 새 계약서를 쓰면, 그 순간부터 확정일자 문제, 전월세 신고 의무, 간주임대료 재산정, 세금계산서 금액 변경까지 줄줄이 딸려옵니다.

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제가 간과했던 건 “계약 조건 변경 = 신규 계약에 준하는 세무 이벤트”라는 점이에요. 부동산 중개사분은 계약서만 잘 쓰면 된다고 했는데, 정작 세무 쪽은 아무도 알려주지 않더라고요. 임대인이 직접 챙겨야 하는 영역이었습니다.

그리고 한 가지 더. 계약갱신청구권을 사용한 경우에도 임대료 인상이 있으면 세무 처리가 필요합니다. 5% 이내 인상이라서 큰 금액은 아닐 수 있지만, 상가의 경우 부가세 신고에 직접 영향을 주니까 무시할 수가 없었어요.

보증금 변동 시 간주임대료와 부가세 처리

재계약하면서 보증금을 올리면, 간주임대료 계산이 달라집니다. 간주임대료란 임대보증금을 정기예금에 넣었을 때 발생할 이자 수익을 임대료로 간주하는 개념이에요. 상가 일반과세자라면 이 간주임대료에도 10%의 부가세가 붙거든요.

2025년 귀속분 기준 간주임대료 적용 정기예금 이자율은 연 3.1%입니다. 전년도 3.5%에서 인하됐는데, 그래도 보증금이 큰 경우엔 무시 못 할 금액이 나와요. 예를 들어 상가 보증금이 5,000만 원에서 8,000만 원으로 올랐다면, 간주임대료 자체가 확 뛰는 거죠.

제가 실수했던 부분이 정확히 여기였어요. 보증금을 올린 시점이 과세기간 중간이었는데, 기간을 나눠서 계산해야 한다는 걸 몰랐습니다. 올리기 전 보증금 기준으로 며칠, 올린 후 보증금 기준으로 며칠 — 이걸 일할 계산해서 부가세 신고에 반영해야 하거든요. 세무사한테 들었을 때 “이걸 어떻게 혼자 하냐”는 생각이 들었습니다.

부동산임대공급가액명세서에도 계약 변경 내용을 반영해야 해요. 기존 임차인 정보는 그대로인데 보증금·월세·계약기간이 바뀌었다면, 변경된 내용으로 명세서를 다시 작성해야 합니다. 이거 누락하면 부가세 신고 자체가 불성실 신고로 잡힐 수 있어요.

주택임대소득 과세, 재계약 시점에 달라지는 것들

상가가 아니라 주택이라면 이야기가 또 달라져요. 주택임대소득은 보유 주택 수에 따라 과세 기준이 다르거든요. 1주택이면 기준시가 12억 원 초과 고가주택의 월세만 과세 대상이고, 2주택이면 모든 월세가 과세 대상입니다. 보증금에 대한 간주임대료는 원래 3주택 이상에서만 과세됐어요.

근데 2026년 귀속분부터 큰 변화가 생겼습니다. 기준시가 12억 원 초과 고가주택을 2채 이상 보유한 경우, 전세 보증금 합계가 12억 원을 넘으면 간주임대료가 과세됩니다. 기존에는 3주택 이상에서만 적용되던 건데, 고가주택 2주택자까지 범위가 넓어진 거예요.

이게 재계약과 무슨 관계냐면, 보증금을 올리는 순간 “12억 원 초과” 기준선을 넘어갈 수 있다는 거예요. 작년까지는 보증금 합계가 11억 8천이어서 과세 대상이 아니었는데, 재계약하면서 3천만 원 올렸더니 12억 1천이 됐다면? 갑자기 간주임대료 과세 대상이 되는 겁니다.

주택임대소득이 연 2,000만 원 이하라면 분리과세(14%)와 종합과세 중 선택할 수 있어요. 분리과세를 선택하면 주택임대소득에 14% 단일세율(지방소득세 포함 15.4%)이 적용됩니다. 재계약으로 월세나 보증금이 올라가면 이 2,000만 원 기준선도 체크해야 하고요. 넘어가면 종합과세가 의무가 됩니다.

구분	과세 대상	간주임대료 과세 여부
1주택	기준시가 12억 초과 월세만	비과세
2주택	모든 월세	고가주택 2채+보증금 12억 초과 시 과세 (2026~)
3주택 이상	모든 월세	보증금 합계 3억 초과 시 과세

임대사업자로 등록한 경우와 미등록인 경우에도 차이가 있어요. 등록임대사업자는 분리과세 시 필요경비율 60%, 기본공제 400만 원이 적용되지만, 미등록이면 필요경비율 50%, 기본공제 200만 원입니다. 재계약 시점에 사업자 등록 여부를 다시 확인하는 게 좋습니다. 이 차이가 실제 납부세액에서 꽤 크거든요.

전월세 신고제와 과태료 — 계도기간은 끝났다

이건 세금은 아니지만, 재계약 시 반드시 챙겨야 하는 의무사항이에요. 2021년 6월부터 시행된 전월세 신고제가 4년간의 계도기간을 마치고 2025년 6월 1일부터 과태료가 본격 부과되기 시작했습니다.

대상은 보증금 6,000만 원 초과 또는 월세 30만 원 초과 계약이에요. 재계약이더라도 금액 변동이 있으면 계약 체결일로부터 30일 이내에 신고해야 합니다. 금액 변동 없는 묵시적 갱신은 신고 대상이 아니지만, 보증금을 올리거나 월세를 변경한 명시적 재계약은 100% 신고 대상이에요.

저도 계도기간이라 괜찮겠지 하고 넘겼다가 낭패를 본 적이 있거든요. 당시엔 과태료 부과가 안 됐지만, 임대차 신고 데이터가 국세청에 연동된다는 건 몰랐어요. 나중에 종합소득세 신고할 때 “신고한 임대소득과 임대차 신고 내역이 다르다”는 안내문을 받았습니다. 결국 수정 신고를 했고, 그때의 번거로움은 잊을 수가 없네요.

신고는 부동산거래관리시스템에서 온라인으로 10분이면 가능합니다. 재계약 계약서를 쓴 직후에 바로 처리하는 습관을 들이는 게 가장 확실해요.

부동산거래관리시스템 바로가기

상가 재계약 시 세금계산서, 이렇게 하면 틀린다

주택이 아니라 상가 임대라면 세금계산서 이슈가 빠질 수 없어요. 재계약으로 임대료가 바뀌었는데 세금계산서를 기존 금액으로 계속 발행하는 경우가 생각보다 많거든요. 이건 의외로 위험합니다.

임대료가 인상됐는데 기존 금액으로 세금계산서를 발행하면, 매출 과소 신고로 잡힐 수 있어요. 반대로 임차인과 분쟁 중이라 인상분을 받지 못하고 있는 상황에서 인상된 금액으로 발행하면, 나중에 실제 수금 내역과 맞지 않아 문제가 됩니다.

가장 깔끔한 방법은 재계약서에 명시된 변경 금액으로 세금계산서를 발행하는 거예요. 계약 변경 시점이 월 중간이라면 일할 계산해서 수정 세금계산서를 발행하는 게 원칙입니다. 사실 이 부분은 세무사 없이 처리하기가 좀 까다로워요.

그리고 많이들 간과하는 게 하나 있는데, 간이과세자에서 일반과세자로 전환되는 시점이에요. 상가 임대 매출이 연 1억 400만 원을 넘으면 일반과세자로 전환되는데(2025년 기준), 재계약으로 월세를 올리면서 이 기준을 넘어가는 경우가 있습니다. 일반과세자가 되면 부가세 10%를 별도로 받아야 하고, 세금계산서 발행이 의무가 되거든요. 재계약 전에 연간 매출 규모를 꼭 계산해보세요.

재계약이 양도세까지 건드리는 경우

재계약 자체가 양도세에 직접 영향을 주는 건 아닙니다. 하지만 간접적으로 연결되는 지점이 있어요. 특히 등록 임대사업자라면 재계약 조건이 세제 혜택 유지 여부를 결정짓기도 합니다.

등록 임대사업자는 임대료 인상률을 연 5% 이내로 제한해야 양도세 중과 배제, 장기보유특별공제 등의 혜택을 받을 수 있어요. 재계약하면서 5%를 초과해 올리면 의무 위반이 되고, 기존에 적용받던 세제 혜택이 한꺼번에 날아갈 수 있습니다.

그리고 2026년 현재 시점에서 중요한 게 하나 더 있어요. 다주택 양도세 중과 유예가 2026년 5월 9일까지로 되어 있거든요. 시행령 개정 사항에 재연장 언급이 없었고, 정부도 재연장 의사가 없음을 밝혔습니다. 조정대상지역 내 다주택자가 재계약을 하면서 “더 보유할까, 팔까”를 고민한다면, 이 시한을 반드시 머릿속에 넣어둬야 해요.

중과 적용 시 2주택자는 기본세율에 20%p 가산, 3주택자는 30%p 가산이고, 장기보유특별공제도 적용이 배제됩니다. 재계약을 하고 장기 보유를 결정하는 건 좋지만, 양도 시점의 세 부담을 미리 시뮬레이션해보는 게 맞아요. 재계약서에 도장을 찍기 전에 세무사와 양도세 시뮬레이션 한 번 돌려보는 것, 이건 경험에서 나온 조언입니다.

마지막으로, 특수관계자(배우자·직계존비속) 간 임대차 재계약도 주의가 필요해요. 시가보다 현저히 낮은 임대료로 계약하면 부당행위계산부인 규정이 적용될 수 있고, 2026년부터는 특수관계자 간 저가 유상거래 시 증여로 간주해 취득세 무상세율(3.5%)이 적용되는 규정도 강화됐습니다. 임대차와 직접 관련되는 건 아니지만, 가족 간 부동산 거래를 함께 진행한다면 종합적으로 검토해야 할 사안입니다.

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